Dans les grandes profondeurs de l’océan, le « Nauti-poulpe » émerge peu à peu. À l’intérieur de cet engin étrange, mi-animal mi-machine, on découvre un vieil homme. Nemo, méconnaissable, est encore inconscient. Hagard, il se réveille d’un très long coma. De premiers souvenirs lui reviennent : « Capitaine, j’étais capitaine… Je suis le capitaine Nemo. » Aux commandes, face à un hublot gigantesque, Nemo veut d’abord croire qu’il contrôle le Nauti-poulpe, avant de comprendre que c’est une illusion. Des images de sa vie antérieure lui reviennent, tandis que le Nauti-poulpe remonte peu à peu vers la surface : le Nautilus, les rencontres avec le professeur Aronnax, puis l’île mystérieuse, l’ingénieur Cyrus Smith et ses compagnons… Jusqu’où le Nauti-poulpe va-t-il maintenant l’entraîner ?